Pour traiter une gastro-entérite chez un enfant, le médecin doit d'abords déterminer si la gastro-entérite est virale ou bactérienne. Il examinera également l'enfant afin d'exclure d'autres causes possibles de ces affections. En fonction de l'état de l'enfant, il lui prescrira le médicament approprié.

En cas de gastro-entérite chez l'enfant, il est impératif de boire beaucoup d'eau, en plusieurs fois, ou des solutions de réhydratation (disponibles en pharmacie). L'enfant malade sera faible et/ou contagieux, il est donc conseillé de rester à la maison, de se reposer et d'éviter tout contact direct avec d'autres personnes. Des médicaments pour soulager les crampes, les douleurs d'estomac, la diarrhée et les vomissements seront prescrits par le médecin.
En évitant le contact direct avec les personnes infectées, il est impérattif de se laver les mains très régulièrement, en nettoyant bien tous les aliments crus et en cuisinant bien les viandes, pour réduire le risque de contamination.