Le traitement d'un kyste dépend principalement de son type et de la gêne occasionnée.

• une abstention thérapeutique est envisagée lorsque le kyste est bénin et ne provoque aucun symptôme
• une intervention chirurgicale est recommandée (ablation) si une gêne fonctionnelle est ressentie ou s'il y a un doute sur le diagnostic
• un traitement médicamenteux est également préconisé

Les kystes sébacés et épidermoïdes disparaissent généralement d'eux-mêmes, parfois avec l'utilisation d'antibiotiques topiques. Sinon, ils sont extraits à l'aide d'une aiguille, par électrocoagulation ou par ablation chirurgicale.