Le traitement est basé sur le régime sans gluten qui doit être maintenu pendant plusieurs mois avant de juger du résultat. Si le diagnostic est validé et que ce régime d'exclusion conduit à une amélioration de l'état général, il doit être suivi toute sa vie. Il représente le seul traitement efficace de la maladie cœliaque et permettra de résoudre les symptômes, de guérir les tissus endommagés et de réduire le risque de complications.

La vitamine B12, l'acide folique, le fer sont parfois prescrits en début de traitement pour lutter contre les carences dues à la maladie. Dans les formes graves, les corticostéroïdes sont utiles.