Une fois l'intolérance au gluten est diagnostiquée, il est recommandé de suivre un régime sans gluten.

Tous les produits contenant du blé, du seigle, de l'orge, de l'avoine, des céréales de blé, c'est-à-dire les pâtes, le pain, certains yaourts, etc. doivent être évités. Il faut également faire attention aussi aux plats cuisinés ou à certains médicaments qui contiennent parfois du gluten comme additif. Dans les supermarchés et les magasins spécialisés, de plus en plus de produits sont étiquetés sans gluten.

Pendant longtemps, le régime strict sans gluten a été la seule solution proposée aux personnes atteintes de cette intolérance. Ces dernières années, plusieurs études ont permis d'identifier trois molécules, appelées peptides, qui sont en grande partie responsables de l'intolérance au gluten. Depuis lors, de nombreux chercheurs ont mis au point des traitements d'immunothérapie pour aborder une éventuelle désensibilisation au gluten. Dans un tel cas, le traitement consiste alors à injecter de petites doses de ces peptides dans l'organisme d'un individu allergique au gluten afin que ce dernier accepte progressivement le gluten par l'organisme de ce même individu. Cependant, comme pour les autres allergies alimentaires, la désensibilisation au gluten n'en est qu'à ses débuts.