Les causes des kystes varient selon le type de kyste.

• Les kystes fonctionnels peuvent être dûs à :
  • Le fonctionnement normal des ovaires
  • La prise de médicaments stimulants ovariens utilisés lors d'une procréation médicament assistée (PMA)
  • L'administration de tamoxifène (un anti-cancéreux)
  • La pose d'un stérilet hormonal contenant du lévonorgestrel (chez 12 à 30 % des femmes).
  • Certaines pilules, notamment les microdosées
• Pour les kystes organiques, les causes dépendent de la nature de la tuméfaction. Ils peuvent être liés à :
  • l'endométriose
  • la persistance de cellules immatures dans l'ovaire.