Le traitement des kystes ovariens dépend de leur nature :

•  Un kyste fonctionnel se résorbe généralement spontanément. Une période d'observation peut donc être utile pour voir s'il se résorbe de lui-même. Dans le cas contraire, un traitement hormonal est préconisé (avec une pilule œstro-progestative fortement dosée).
• Dans le cas d'un kyste organique, douloureux et/ou de gros kystes fonctionnels, une intervention chirurgicale peut être envisagée. La technique de référence utilisée est la laparoscopie.
• En cas de complications d'un kyste fonctionnel (une torsion, par exemple, ou s'il se rompt ou s'infecte), la prise en charge est urgente. Quand la douleur est très intense, il faut absolument se rendre à l'hôpital le plus proche.
• En ce qui concerne les kystes apparaissant pendant la grossesse (surtout au cours du 1er trimestre), il vaut mieux éviter de les enlever car ils contribuent à la production de progestérone, une hormone essentielle pendant la grossesse.